523 Depuis la directive de 1991 (v. supra), doit être dressé un inventaire des zones sensibles, des zones « eaux menacées par la pollution » marines et eaux superficielles définit en fonction de seuils de concentration des nitrates. Un programme de surveillance est établi par le préfet et, à partir de ce programme, l’inventaire, destiné à être rendu public, est discuté avec toutes les parties prenantes, y compris les usagers. Le projet d’inventaire est transmis au préfet coordonnateur de bassin qui l’arrête. Communiqué à la commission locale de l’eau, annexé aux SDAGE, l’inventaire sert de référence pour la soumission aux agriculteurs d’un code de bonne conduite, d’application facultative.
La CJUE a précisé les critères de désignation des eaux atteintes ou menacées par la pollution azotée : doivent être qualifiées d’eaux atteintes par la pollution, et donc désignées comme zones vulnérables, toutes les eaux qui alimentent ces eaux lorsqu’elles contiennent plus de 50 mg/l de nitrates, dès lors que le rejet provenant de sources agricoles contribue de manière significative, mais non exclusive, à cette concentration globale de nitrates 1819. Il est donc non conforme avec la directive nitrates de restreindre la définition des zones vulnérables aux cas où les sources agricoles provoquent à elles seules la concentration en nitrates, dès lors que la directive prévoit