369 L’article R. 111-14 du Code rural, introduit par le décret du 25 novembre 1977 et devenu l’article R. 411-15 du Code de l’environnement, permet au préfet d’adopter un arrêté de protection de biotope « afin de prévenir la disparition d’espèces protégées ; il s’agit, par cet arrêté, de fixer (...) les mesures tendant à favoriser sur tout ou partie du territoire d’un département, à l’exclusion du domaine public maritime où les mesures relèvent du ministre chargé des Pêches maritimes, la conservation des biotopes tels que mares, marécages, marais, haies, bosquets, landes, dunes, pelouses, ou toute autre formation naturelle peu exploitée par l’homme, dans la mesure où ces biotopes ou formations sont nécessaires à l’alimentation, à la reproduction, au repos, ou à la survie de ces espèces ».
Il peut donc et aussi interdire ou réglementer les actes portant atteinte à des milieux, tels l’écobuage, la destruction des haies, l’usage de produits antiparasitaires. Il lui incombe de définir les activités économiques compatibles avec une mesure de protection ; ainsi le tribunal administratif de Montpellier a-t-il admis 1290 que le préfet de l’Hérault, s’agissant d’un biotope servant de lieu de nidification à des oiseaux protégés, n’autorise que le pâturage extensif de taureaux et chevaux, et pas des activités « annexes » de nature touristique et commerciale.